Hasta el 70% del sistema inmunológico depende de la microbiota.
La interrelación entre la microbiota intestinal y el huésped humano es simbiótica, nosotros les ofrecemos hábitat y nutrientes y a cambio recibimos funciones únicas, contribuyendo a la homeostasis intestinal inmunológica y metabólica.
Una microbiota intestinal normal constituye una barrera protectora contra los patógenos gracias al espacio que ocupa, a la capacidad de secreción de sustancias antimicrobianas y a la acidificación del medio al segregar ácidos orgánicos. La microbiota induce el desarrollo de la inmunidad innata y específica o adquirida, estimulando y coordinando la respuesta inmunitaria del tracto gastrointestinal.
Diversos factores como la dieta, enfermedades infecciosas, el alcoholismo, el tabaco, la exposición a sustancias tóxicas y el uso de antibióticos entre otros, establecerán variaciones intraindividuales en la composición.
Una microbiota intestinal expuesta diariamente a factores de riesgo provoca variaciones que pueden ser irreversibles y favorecer la aparición de enfermedades. Se debilita el sistema inmunitario.
El sistema inmunitario nos ofrece dos tipos de protección: la inmunidad innata y la inmunidad adquirida o específica.
La inmunidad innata es la primera línea de defensa, presente desde el nacimiento produce una respuesta rápida no específica a cualquiera invasor mientras que la inmunidad adaptativa o específica genera una respuesta más lenta pero específica contra un antígeno tras la exposición a patógenos..
La inmunidad innata está ampliamente representada en el tracto gastrointestinal por las células que dirigen la respuesta inflamatoria a través de mediadores y citoquinas.

A pesar de la complejidad de la microbiota intestinal, es fundamental mantener el equilibrio entre las diferentes poblaciones bacterianas que habitan en el intestino, para permitir la buena comunicación con el sistema inmunitario y la mucosa tal que cualquier disfunción podría determinar el desarrollo de diferentes patologías.
Son muy importantes para la microbiota los prebióticos y los probióticos. La diferencia fundamental entre ellos es que los probióticos son microorganismos vivos que cuando se administran en cantidades adecuadas confieren un beneficio a la salud del consumidor. Los prebióticos son sustratos no digeribles, que estimulan el crecimiento o la actividad de los microorganismos autóctonos resultando un beneficio para la salud.
Los prebióticos y probióticos son una vía prometedora para la recuperación de la homeostasis intestinal y la salud general.